一种结合噬菌体展示和蛋白从头测序用于单克隆抗体的性能优化技术

       原文是一篇发表在<<单抗>>杂志上的英文文章,本文末尾附有原文的链接,喜欢读英文的可以脑补原文。

        原文的大致意思是:基因重组和体细胞超突变产生的巨大多样性使单克隆抗体的从头蛋白质测序成为一个独特的难题。一般的质谱测序很难为可变域提供单一的明确序列。通常只能提供可以满足实验数据的高度相似序列的集合。该结果可能导致需要对许多候选序列进行测试和验证,有时需要反复进行实验,以鉴定可以重现抗体活性的序列。因此,作者描述了一种通过使用噬菌体展示技术来生成满足质谱数据的序列组合库并选择与抗原结合的功能候选物的抗体蛋白测序方法。该方法用于改造2种商业获得的针对鼠CD137的单克隆抗体。蛋白质组学数据使我们能够分配大多数可变域序列,但位于互补决定区之内或附近的序列的3-5%除外。为了有效地解析这些区域中的序列,生成了小噬菌体展示的数据库并进行了抗原结合选择。收集了抗原结合克隆后,为每种抗体选择2个克隆,并重组表达为抗原结合片段(Fabs)。在这两种情况下,反向工程化的Fabs均显示出与商品IgG产生的Fabs相同的抗原结合亲和力,且在误差范围内。蛋白质组学和蛋白质工程技术的这种结合为简化从蛋白质材料反向工程单克隆抗体的技术挑战性过程提供了一种有用的方法。

       其实这篇文章内容有点过时了,因为文章是2015年发表的,那个时候蛋白从头测序的技术还没有今天这么先进,不少测试还是依赖已建立的数据库的基础上,还不能精准测定未知抗体CDR区域的信息;但是,今非昔比,文中提到的一些蛋白从头测序的困难和挑战,现在已经有个别公司可以快速、精准地测定CDR区域的氨基酸序列了,而且根本不需要借助任何现存数据库的帮助。

        但是,文中的一些内容还是很有参考和启发意义的,尤其是在对现有抗体的性能改造上,可以作为一个参照。如果我们对现有的抗体性能不满意,或者想做一些提升,在从头测序的基础上,结合噬菌体展示技术,可能是一个快速实现的捷径。现实中,有些抗体在不同的应用平台上体现出来不同的性能特点,比如,一种抗体应在在酶免平台上很好,但是应用到发光平台上可能会有较大的性能差异。针对这样的问题,一方面我们可以在应用工艺中进行优化调整,但是如果应用工艺不能优化成功,那我们可以考虑时候从抗体的结构上进行优化,这就需要获得抗体的一级结构信息并进行表达和筛选。当然,其他的情况,比如,杂交瘤细胞的丢失,PTM信息的确定,早已是蛋白从头测序的应用场景了。

原文地址:https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19420862.2016.1145865

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